No obstante que se matriculó como alumno en la Facultad de Derecho de la UNAM, luego prefirió hacer un cambio y estudió Filosofía en la misma universidad. Julio Scherer no terminaría ninguna de estas licenciaturas porque ingresó de forma rápida a Excelsior, y el trabajo en el diario mencionado, además de gustarle más, consumió su tiempo.
Tras varios años de ser reportero fue designado por la cooperativa como director general de EXCELSIOR en 1968. Desde ahí desarrolló una línea crítica, propia del ejercicio del periodismo, hacia los gobiernos de Gustavo Diaz Ordaz y de Luis Echeverria Alvarez, línea que molestaría a las autoridades del régimen instituido pero que consolidaba a la cooperativa Excélsior como una fuerte y poderosa empresa editora.
En julio de 1976 Luis Echevarria lograría la realización de una asamblea en la cual se designaría al frente del diario al periodista Regino Díaz Redondo, quien ocupó dicho cargo 24 años.
Antes de consumarse el cambio, Scherer junto con colaboradores suyos (entre ellosMiguel Angel Granados Chapa yFrancisco Ortiz) abandonaron Excélsior. En realidad, Echeverría -o mejor dicho, sus agentes dentro de la cooperativa citada- utilizó como excusa la ocupación, por parte de un grupo de ejidatarios, de terrenos propiedad del periódico. De la crisis subsecuente se derivó el cambio de director y de línea editorial.
Meses después, en noviembre de 1976, fundó con sus antiguos colaboradores de excelsior, la revista proceso, que saldría a la venta la primera semana de noviembre a pesar de diversas dificultades que se les presentaron, las cuales están narradas en un libro de Vicente Leñero llamado Los periodistas. Scherer dirigió la revista hasta 1996, 20 años en los que mantuvo una línea crítica con el gobierno federal y sus diferentes encargados. La revista Proceso logró consolidarse como un semanario político importante de México, siempre con una línea crítica hacia el gobierno en los más de 30 años que ha sido publicada, lo cual, desde el enfoque de algunos que -al parecer- desconocen la misión de los periodistas, le resta credibilidad al semanario, pues "no está de acuerdo con nada".
Entre sus entrevistas, realizó conversaciones periodísticas con personajes como al subcomandante Marcos en 2001, en 2008 a Sanda Avila Beltran, en 2010 y 2013 a los delincuentes Ismael Zambada y Rafael Caro Quintero, respectivamente.
Después de dejar la dirección de Proceso en 1996, Scherer continuó con la Presidencia del Consejo de Administración de CISA Comunicación e Información, S. A. de C. V., empresa que edita el semanario, cargo que conservó hasta su muerte.
El 17 de octubre de 2014 realizó su última visita al semanario Proceso, institución que fundaría y el 7 de diciembre del mismo año publicó su último artículo, conmemorando la trayectoria del, en ese entonces, recién fallecido compañero, Vicente Leñero.
El 7 de enero de 2015, a los 88 años de edad, tras luchar dos años con problemas gastrointestinales, falleció en la Ciudad de Mexico por un choque.
El periodista falleció el día 7 de enero de 2015 a las 4:30 horas a consecuencia de un choque séptico después de mantenerse enfermo por los últimos dos años. Tenía 88 años de edad al momento de su muerte.
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